RARA

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1DKF, 1DSZ, 3A9E, 3KMR, 3KMZ, 4DQM, 5K13

Ідентифікатори

Символи

RARA, NR1B1, RAR, retinoic acid receptor alpha, RARalpha

Зовнішні ІД

OMIM: 180240 MGI: 97856 HomoloGene: 20262 GeneCards: RARA

Реагує на сполуку

adapalene, alitretinoin, tamibarotene, tazarotene, третиноїн^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• retinoic acid binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • protein domain specific binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0038050, GO:0004886, GO:0038051 nuclear receptor activity • mRNA 5'-UTR binding • signaling receptor binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • retinoic acid-responsive element binding • transcription factor binding • зв'язування з іоном металу • steroid hormone receptor activity • enzyme binding • zinc ion binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • DNA binding • sequence-specific DNA binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • protein kinase A binding • protein kinase B binding • translation repressor activity, mRNA regulatory element binding • alpha-actinin binding • protein heterodimerization activity • chromatin DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • histone deacetylase binding • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • nuclear receptor coactivator activity • signaling receptor activity
Клітинна компонента	• цитоплазма • actin cytoskeleton • perinuclear region of cytoplasm • neuron projection • клітинне ядро • cell surface • нуклеоплазма • neuronal cell body • дендрит (нейробіологія) • гіалоплазма • RNA polymerase II transcription regulator complex
Біологічний процес	• growth plate cartilage development • germ cell development • cellular response to retinoic acid • ureteric bud development • positive regulation of interleukin-5 production • prostate gland development • limb development • apoptotic cell clearance • chondroblast differentiation • regulation of granulocyte differentiation • protein phosphorylation • response to vitamin A • face development • Сперматогенез • response to ethanol • negative regulation of cell population proliferation • steroid hormone mediated signaling pathway • regulation of apoptotic process • response to cytokine • negative regulation of translation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of cell differentiation • negative regulation of gene expression • transcription, DNA-templated • cellular response to estrogen stimulus • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of cell cycle • regulation of myelination • positive regulation of neuron differentiation • negative regulation of tumor necrosis factor production • transcription initiation from RNA polymerase II promoter • trachea cartilage development • glandular epithelial cell development • male gonad development • negative regulation of cartilage development • response to retinoic acid • negative regulation of granulocyte differentiation • multicellular organism growth • жіноча вагітність • negative regulation of apoptotic process • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of interleukin-4 production • regulation of synaptic plasticity • outflow tract septum morphogenesis • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of interferon-gamma production • response to estradiol • negative regulation of translational initiation • embryonic camera-type eye development • positive regulation of interleukin-13 production • neural tube closure • positive regulation of binding • retinoic acid receptor signaling pathway • GO:1901313 positive regulation of gene expression • Sertoli cell fate commitment • positive regulation of cell population proliferation • positive regulation of T-helper 2 cell differentiation • ventricular cardiac muscle cell differentiation • liver development • cellular response to lipopolysaccharide • bone development • hippocampus development • GO:0072468 сигнальна трансдукція • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • multicellular organism development • hormone-mediated signaling pathway • диференціація клітин • response to lipid • gland development • bone morphogenesis • epithelium development
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


5914


19401

Ensembl


ENSG00000131759


ENSMUSG00000037992

UniProt


P10276 Q6I9R7


P11416

RefSeq (мРНК)


NM_000964 NM_001024809 NM_001033603 NM_001145301 NM_001145302


NM_001176528 NM_001177302 NM_001177303 NM_009024 NM_001361954

RefSeq (білок)

NP_000955 NP_001019980 NP_001138773 NP_001138774 NP_000955.1
NP_001138773.1


NP_001169999 NP_001170773 NP_001170774 NP_033050 NP_001348883

Локус (UCSC)

Хр. 17: 40.31 – 40.36 Mb

Хр. 11: 98.82 – 98.87 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

RARA (англ. Retinoic acid receptor alpha) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 462 амінокислот, а молекулярна маса — 50 771^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MASNSSSCPT	PGGGHLNGYP	VPPYAFFFPP	MLGGLSPPGA	LTTLQHQLPV
SGYSTPSPAT	IETQSSSSEE	IVPSPPSPPP	LPRIYKPCFV	CQDKSSGYHY
GVSACEGCKG	FFRRSIQKNM	VYTCHRDKNC	IINKVTRNRC	QYCRLQKCFE
VGMSKESVRN	DRNKKKKEVP	KPECSESYTL	TPEVGELIEK	VRKAHQETFP
ALCQLGKYTT	NNSSEQRVSL	DIDLWDKFSE	LSTKCIIKTV	EFAKQLPGFT
TLTIADQITL	LKAACLDILI	LRICTRYTPE	QDTMTFSDGL	TLNRTQMHNA
GFGPLTDLVF	AFANQLLPLE	MDDAETGLLS	AICLICGDRQ	DLEQPDRVDM
LQEPLLEALK	VYVRKRRPSR	PHMFPKMLMK	ITDLRSISAK	GAERVITLKM
EIPGSMPPLI	QEMLENSEGL	DTLSGQPGGG	GRDGGGLAPP	PGSCSPSLSP
SSNRSSPATH	SP

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до рецепторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Giguere V., Ong E.S., Segui P., Evans R.M. (1987). Identification of a receptor for the morphogen retinoic acid. Nature. 330: 624—629. PMID 2825036 DOI:10.1038/330624a0
Hjalt T.A.H., Murray J.C. (1999). Genomic structure of the human retinoic acid receptor-alpha1 gene. Mamm. Genome. 10: 528—529. PMID 10337631 DOI:10.1007/s003359901036
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Brand N.J., Petkovich M., Chambon P. (1990). Characterization of a functional promoter for the human retinoic acid receptor-alpha (hRAR-alpha). Nucleic Acids Res. 18: 6799—6806. PMID 2175878 DOI:10.1093/nar/18.23.6799
Petkovich M., Brand N.J., Krust A., Chambon P. (1987). A human retinoic acid receptor which belongs to the family of nuclear receptors. Nature. 330: 444—450. PMID 2825025 DOI:10.1038/330444a0
Shao W., Halachmi S., Brown M. (2002). ERAP140, a conserved tissue-specific nuclear receptor coactivator. Mol. Cell. Biol. 22: 3358—3372. PMID 11971969 DOI:10.1128/MCB.22.10.3358-3372.2002

Примітки

↑ Сполуки, які фізично взаємодіють з retinoic acid receptor alpha переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:9864 (англ.) . Процитовано 12 вересня 2017.
↑ UniProt, P10276 (англ.) . Архів оригіналу за 27 вересня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 17

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма